Realizar pesquisa, ensino, desenvolvimento tecnológico, inovação, serviços de referência e de coleções biológicas, visando à promoção da saúde.
Ser um Instituto de excelência em Pesquisa, Ensino, Tecnologia e Inovação, estratégico para o Estado, reconhecido nacional e internacionalmente por suas ações em saúde pública.
O IOC adota os valores da Fiocruz definidos no VI Congresso Interno, que alicerçam suas atitudes, comportamentos e caracterÃsticas, e são assim sintetizados:
1. Ciência e inovação como base do desenvolvimento socioeconômico e da promoção da saúde
2. Ética e transparência
3. Cooperação e integração
4. Valorização da diversidade
5. Valorização das pessoas
6. Redução das iniquidades nas condições de vida e de saúde
7. Compromisso socioambiental
8. Democratização do conhecimento
9. Educação como processo emancipatório
10. Caráter público e estatal da Fiocruz