Pesquisadores do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), em parceria com a University College London, no Reino Unido, desenvolveram um novo protocolo para sequenciamento genético do novo coronavírus (SARS-CoV-2).
A metodologia oferece ampla cobertura de todo o genoma do vírus e reduz falhas que podem ocorrer no processo. Além disso, permite sequenciar o genoma completo do patógeno diretamente em amostras de pacientes, sem a necessidade de procedimentos de isolamento viral.
A técnica tem ainda mais um benefício: pode ser usada para o sequenciamento de até 96 genomas ao mesmo tempo, em uma mesma corrida de sequenciamento, o que torna o novo método mais rápido e mais barato.
O protocolo foi validado para três diferentes plataformas de sequenciamento genético: Nanopore (MinION ou GridION), Ilumina e Sanger. Tendo em vista a relevância para a comunidade científica, os dados foram publicados em um artigo no site de pré-print BioRxiv. O protocolo foi compartilhado ainda na página protocols.io.
O trabalho, liderado pelo Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo do IOC/Fiocruz, contou com a colaboração do Laboratório de Flavivírus do IOC/Fiocruz, Coordenação Geral de Laboratórios do Ministério da Saúde, no Brasil, e Great Ormond Street Hospital, no Reino Unido.
Responsável pelo desenvolvimento do protocolo, a pesquisadora Paola Cristina Resende, do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, ressalta a importância da qualidade do sequenciamento genético para as pesquisas sobre o patógeno.
“Como esse vírus circula há pouco tempo em humanos, ele acumulou um número pequeno de mutações e os genomas são muito parecidos em todo o mundo. Entre cerca de 30 mil bases que compõem o RNA [material genético] do novo coronavírus, observamos que poucas bases diferenciam uma cepa da outra. Isso ainda é muito pouco e não permite apontar alterações do fenótipo do vírus. No entanto, possibilita reconhecer e definir grupos genéticos virais que estão circulando ao redor do mundo”, comenta.
O pesquisador Fernando Motta, que atuou na validação do protocolo na plataforma Illumina no Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, designado como Centro de Referência em Covid-19 nas Américas para a Organização Mundial da Saúde (OMS), enfatiza os benefícios do novo método para busca de respostas mais rápidas à pandemia.
“O protocolo demonstrou-se simples, eficiente e consistente, podendo ser aplicado em laboratórios nacionais e internacionais que dispõem de quaisquer dos equipamentos”, diz o virologista.
Com o novo protocolo, os especialistas já decodificaram 54 genomas completos do novo coronavírus referentes a amostras de pacientes de seis estados do Brasil.
O trabalho amplia o conhecimento sobre os microrganismos causadores da Covid-19 no país, expandindo significativamente o número de sequências genéticas disponíveis para Rio de Janeiro e Distrito Federal e incluindo, pela primeira vez, dados de Alagoas, Bahia, Espírito Santo e Santa Catarina na plataforma GISAID, que promove o compartilhamento de informações genômicas sobre os vírus Influenza, Sincicial Respiratório e o SARS-CoV-2.
De acordo com Paola, que atuou no treinamento da equipe de técnicos da Plataforma de Genômica da University College London para realização do novo protocolo e é uma das curadoras da plataforma GISAID, a análise dos genomas brasileiros recém-sequenciados indica que ocorreram diferentes introduções do vírus no Brasil por viajantes que retornavam ao país.
“A filogeografia aponta claramente para múltiplas introduções. Considerando as amostras recém-sequenciadas, observamos que são semelhantes a genomas do vírus descritos na Europa e América do Norte, o que aponta possíveis rotas de entrada”, afirma a especialista.
Para a chefe do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, Marilda Siqueira, é fundamental acompanhar a evolução viral ao longo do tempo.
“Além de traçar as rotas de dispersão no mundo e no interior do país, a vigilância genômica integrada à vigilância epidemiológica é necessária para monitorar a ocorrência de variações genéticas que podem estar associadas à gravidade da doença ou à resistência a medicamentos”, pontua a virologista.
Pesquisadores do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), em parceria com a University College London, no Reino Unido, desenvolveram um novo protocolo para sequenciamento genético do novo coronavírus (SARS-CoV-2).
A metodologia oferece ampla cobertura de todo o genoma do vírus e reduz falhas que podem ocorrer no processo. Além disso, permite sequenciar o genoma completo do patógeno diretamente em amostras de pacientes, sem a necessidade de procedimentos de isolamento viral.
A técnica tem ainda mais um benefício: pode ser usada para o sequenciamento de até 96 genomas ao mesmo tempo, em uma mesma corrida de sequenciamento, o que torna o novo método mais rápido e mais barato.
O protocolo foi validado para três diferentes plataformas de sequenciamento genético: Nanopore (MinION ou GridION), Ilumina e Sanger. Tendo em vista a relevância para a comunidade científica, os dados foram publicados em um artigo no site de pré-print BioRxiv. O protocolo foi compartilhado ainda na página protocols.io.
O trabalho, liderado pelo Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo do IOC/Fiocruz, contou com a colaboração do Laboratório de Flavivírus do IOC/Fiocruz, Coordenação Geral de Laboratórios do Ministério da Saúde, no Brasil, e Great Ormond Street Hospital, no Reino Unido.
Responsável pelo desenvolvimento do protocolo, a pesquisadora Paola Cristina Resende, do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, ressalta a importância da qualidade do sequenciamento genético para as pesquisas sobre o patógeno.
“Como esse vírus circula há pouco tempo em humanos, ele acumulou um número pequeno de mutações e os genomas são muito parecidos em todo o mundo. Entre cerca de 30 mil bases que compõem o RNA [material genético] do novo coronavírus, observamos que poucas bases diferenciam uma cepa da outra. Isso ainda é muito pouco e não permite apontar alterações do fenótipo do vírus. No entanto, possibilita reconhecer e definir grupos genéticos virais que estão circulando ao redor do mundo”, comenta.
O pesquisador Fernando Motta, que atuou na validação do protocolo na plataforma Illumina no Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, designado como Centro de Referência em Covid-19 nas Américas para a Organização Mundial da Saúde (OMS), enfatiza os benefícios do novo método para busca de respostas mais rápidas à pandemia.
“O protocolo demonstrou-se simples, eficiente e consistente, podendo ser aplicado em laboratórios nacionais e internacionais que dispõem de quaisquer dos equipamentos”, diz o virologista.
Com o novo protocolo, os especialistas já decodificaram 54 genomas completos do novo coronavírus referentes a amostras de pacientes de seis estados do Brasil.
O trabalho amplia o conhecimento sobre os microrganismos causadores da Covid-19 no país, expandindo significativamente o número de sequências genéticas disponíveis para Rio de Janeiro e Distrito Federal e incluindo, pela primeira vez, dados de Alagoas, Bahia, Espírito Santo e Santa Catarina na plataforma GISAID, que promove o compartilhamento de informações genômicas sobre os vírus Influenza, Sincicial Respiratório e o SARS-CoV-2.
De acordo com Paola, que atuou no treinamento da equipe de técnicos da Plataforma de Genômica da University College London para realização do novo protocolo e é uma das curadoras da plataforma GISAID, a análise dos genomas brasileiros recém-sequenciados indica que ocorreram diferentes introduções do vírus no Brasil por viajantes que retornavam ao país.
“A filogeografia aponta claramente para múltiplas introduções. Considerando as amostras recém-sequenciadas, observamos que são semelhantes a genomas do vírus descritos na Europa e América do Norte, o que aponta possíveis rotas de entrada”, afirma a especialista.
Para a chefe do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, Marilda Siqueira, é fundamental acompanhar a evolução viral ao longo do tempo.
“Além de traçar as rotas de dispersão no mundo e no interior do país, a vigilância genômica integrada à vigilância epidemiológica é necessária para monitorar a ocorrência de variações genéticas que podem estar associadas à gravidade da doença ou à resistência a medicamentos”, pontua a virologista.
Permitida a reprodução sem fins lucrativos do texto desde que citada a fonte (Comunicação / Instituto Oswaldo Cruz)