Até 1907, quando o Instituto foi premiado com a grande medalha de ouro do Congresso Internacional de Higiene e Demografia, em Berlim, sua produção científica, divulgada pelos periódicos mencionados, resultava do trabalho de jovens pesquisadores que nunca tinham freqüentado outro centro de investigação. Só depois daquele evento cientistas renomados como Stanislas von Prowazek, Gustav Giemsa e Max Hartmann manifestaram interesse em trabalhar nos laboratórios de Manguinhos, aqui permanecendo por longo tempo colaborando em estudos sobre varíola, citologia, soro antidiftérico, espiroquetose, ciliados, amebas, triconinfas, hemogregarinas e outros protozoários.

O impacto da premiação do Instituto foi decisivo em outros aspectos. O projeto que transformava o Instituto Soroterápico Federal em "Instituto de Patologia Experimental", adormecido há longo tempo no Congresso, foi rapidamente aprovado e sancionado pelo presidente Affonso Penna, como Decreto n° 1812, em 12 de dezembro de 1907. Ao ser aprovado pelo Governo o respectivo regimento, em 19 de março de 1908, foi oficialmente adotada a denominação "Instituto Oswaldo Cruz".

Inaugurado em 1908, o Curso de Aplicação foi a primeira escola brasileira de pós-graduação, verdadeira inovação no panorama científico nacional. Nele se ensinava e trabalhava, durante dois anos, sobre métodos de investigação e experimentação em microscopia, microbiologia, imunologia, física e química biológica, e parasitologia sensu lato.

Foi assim que especificamente destinado à fabricação de soro e vacina contra a peste e à campanha contra essa endemia, o Instituto Soroterápico formou um pequeno grupo que rapidamente absorveu e ampliou o conhecimento científico e tecnológico necessário ao sucesso da empresa. De posse desse conhecimento, uma estrutura medíocre limitar-se-ia a uma produtividade rotineira, de grande utilidade social mas confinada à sua finalidade imediata. Quis o acaso, porém, que à frente do empreendimento estivesse alguém preparado para entender que esse bem sucedido primórdio científico e tecnológico podia ser ampliado para abranger outros campos da patologia nacional. Com um desenvolvimento científico nivelado aos mais altos padrões da época, associado à transmissão do conhecimento através do Curso de Aplicação e à produção de vários agentes profiláticos, terapêuticos e diagnósticos, já em 1909 o Instituto Oswaldo Cruz havia assumido, numa seqüência inversa, as tarefas que hoje caracterizam a moderna Universidade: ensino, pesquisa e extensão. E, para melhor assegurar a difusão do conhecimento gerado em seus laboratórios, pôs em circulação a partir de 1909 as "Memórias do Instituto Oswaldo Cruz".