O final do século XIX viu ressurgir um flagelo que desde épocas imemoriais assolava de tempos a tempos a humanidade. A primeira verdadeira pandemia de peste, no século VI, atingiu todo o mundo romano. O grande ciclo do século XIV aniquilara um quarto da população da Europa. Este terceiro grande ciclo, iniciado na província chinesa de Yunnan com a rebelião muçulmana de 1855 e propagado lentamente pelos deslocamentos dos refugiados, atingiu Cantão e Hong Kong em maio de 1894. Os portos do sul da China passaram a funcionar como centros de distribuição da peste, que tinha agora entre suas áreas potenciais de expansão os portos marítimos do Novo Mundo. É assim que, alcançando a América do Sul pelo Paraguai e Argentina, aportou à cidade de Santos em outubro de 1899.

Mas desta vez não estava nas preces e procissões a tábua de salvação das massas desprotegidas. Ainda em 1894 tinha sido descoberto o agente etiológico em Hong Kong, primeiro pelo pesquisador suíço Alexandre Yersin, do Instituto Pasteur, que o denominou Pasteurella pestis ( hoje Yersinia pestis) em homenagem ao Mestre, e pouco depois pelo japonês Shibasaburo Kitasato, discípulo de Robert Koch. O mesmo Yersin junto ao seu colaborador Henri Carré e também o médico russo W. M. Haffkine, já haviam preparado as primeiras vacinas que, embora precisassem de aperfeiçoamento, despontavam como armas profiláticas.