Referência Nacional em Vírus Respiratórios, o Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz) desempenha papel estratégico na resposta ao novo coronavírus (2019nCov), realizando testes e treinamento de equipes do Brasil e da América Latina para diagnóstico laboratorial da doença.

Para a investigação dos casos suspeitos, são realizados exames para detectar a presença de vírus comuns causadores de infecções respiratórias e para identificar especificamente o novo microrganismo. Caso seja identificada uma amostra positiva, os especialistas ainda têm a capacidade de fazer o sequenciamento do genoma do patógeno, o que contribui para a vigilância e o controle da doença.

Recebimento de amostras

O diagnóstico do novo coronavírus é feito a partir de amostra coletada das vias aéreas do paciente com suspeita de infecção. Os Laboratórios Centrais de Saúde Pública (Lacens) dos estados são responsáveis por enviar o material ao Laboratório de Referência, de acordo com o protocolo estabelecido pelo Ministério da Saúde.

Na Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz), o material é encaminhado para a Central de Recebimento de Amostras, que faz o cadastro da mesma no sistema informatizado Gerenciador de Ambiente Laboratorial (GAL) e a encaminha para o Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo.

No Laboratório, a amostra é catalogada e recebe numeração específica. Nomes de pacientes não são utilizados nos protocolos internos, o que reforça a segurança de sigilo das informações pessoais. Cada amostra é dividida em duas alíquotas. Uma delas entra na fila para o processamento. A outra é armazenada em freezer -80ºC.

A partir do momento em que a amostra é recebida, o resultado é emitido entre 48h e 72h. As amostras utilizadas são novamente congeladas e permanecem armazenadas por cinco anos para o caso de necessidade de reteste.

Nível de biossegurança 2

Toda amostra referente a casos suspeitos de infecção pelo novo coronavírus é processada com nível de biossegurança 2+ (NB2). Na etapa inicial de processamento, em que ocorre a inativação dos vírus presentes no material, o manuseio é feito em capela de fluxo laminar em sala com pressão negativa. Os profissionais usam máscara N95 (ou PFF2) e equipamento de proteção ocular.

O processamento de inativação consiste em separar alíquotas das amostras em tubos contendo tampão de lise viral, que inativa os vírus presentes.

Posteriormente, as amostras inativadas, sem risco de contaminação, são processadas para extração de ácido ribonucleico (RNA), o material genético dos vírus. Para isso são utilizados kits específicos. O RNA extraído das amostras é submetido a dois tipos de ensaio. O primeiro visa investigar 21 patógenos respiratórios.

Este painel permite identificar a presença de microorganismos frequentes em casos de sintomas respiratórios, como influenza, rinovírus e adenovírus, entre outros. O processamento é feito através do método de RT-PCR em tempo real multiplex, que utiliza iniciadores (chamados de primers) e sondas capazes de identificar cada um dos 21 patógenos previstos no painel.

Comunicação imediata

De acordo com o protocolo estabelecido para a investigação laboratorial do novo coronavírus, os resultados são analisados pela equipe do Laboratório e, se for confirmada a presença de um dos 21 patógenos testados no painel, o diagnóstico é inserido no GAL para comunicação imediata ao Ministério da Saúde.

Caso o resultado seja negativo para todos os 21 patógenos testados, a amostra é submetida ao segundo ensaio, específico para a detecção do novo coronavírus. Também neste caso, é utilizada a metodologia de RT-PCR em tempo real, mas dessa vez com iniciadores e sondas específicos para o material genético desse vírus. Esse processamento dura cerca de 95 minutos.

Após análise pela equipe do Laboratório, tanto os resultados positivos quanto os negativos são depositados no GAL para comunicação imediata ao Ministério da Saúde. Caso a amostra seja positiva, poderá ser feito ainda o sequenciamento do genoma viral.

Duas metodologias são utilizadas: o sequenciamento de Sanger, que identifica regiões específicas do RNA, e o sequenciamento de nova geração (conhecido como Illumina), que decodifica o genoma completo do vírus. Os testes levam cerca de 48 horas e os resultados também são inseridos no GAL.

Ao conhecer a sequência genética do RNA do vírus presente em uma amostra, os pesquisadores podem fazer comparações com os coronavírus identificados em outras partes do mundo, apontando possíveis rotas de entrada do patógeno no país e possíveis diferenças genéticas, o que contribui para a resposta à doença.