Carlos Burle de Figueiredo foi nomeado adjunto de assistente em 1919 e logo partiu em comissão científica para Minas Gerais.

De 1923 a 1924 viajou para Europa a fim de aperfeiçoar seus estudos de anatomia patológica. Nesse último ano, foi designado no cargo em comissão de adjunto de assistente, a realizar pesquisa sobre flagelados em Minas Gerais.

Durante o ano de 1925, Burle de Figueiredo trabalhou para o Governo do Estado da Bahia.

Em 1926 voltou ao Instituto Oswaldo Cruz e foi nomeado pelo Presidente da República dos Estados Unidos do Brasil para o cargo de assistente. Designado pelo Diretor do Instituto realizou, em 1940, pesquisas científicas no Distrito Federal e no interior do Estado do Rio de Janeiro. De 1943 a 1946 assumiu a chefia do Distrito Sanitário.

Em 1947 passou a auxiliar os serviços de redação das "Memórias do Instituto Oswaldo Cruz". Neste mesmo ano, acompanhou os progressos nas pesquisas de anatomia e histologia patológica, no Memorial Hospital e no Medical Center de Nova York.

Burle de Figueiredo ainda colaborou nos estudos dos terrenos localizados ao redor de Manguinhos, tendo em vista as obras feitas pela Prefeitura Municipal do Distrito Federal junto ao Hospital Abrigo Torres Homem. Seu falecimento ocorreu em julho de 1960.