Nascido em Belém, em 11 de maio de 1885, iniciou seus estudos no Pará, onde obteve o grau de bacharel em ciências e letras e o título de agrimensor.

Mudou-se para o Rio de Janeiro a fim de estudar medicina. Ao término do curso apresentou a tese intitulada "Estrutura da célula de Schwann nos vertebrados", doutorou-se em 1909. Neste ano, Oswaldo Cruz convidou-o para assumir a direção da Secção de Anatomia Patológica do Instituto de Manguinhos.

Conquistou em 1913 o título de livre docente em Anatomia Patológica, na Faculdade de Medicina e Farmácia do Rio de Janeiro. Neste mesmo ano, foi nomeado, interino, para reger a cadeira de Histologia Normal da Escola Superior de Agricultura e Medicina Veterinária do Ministério da Agricultura.

Dedicou-se ainda aos estudos da anatomia patológica da doença de Chagas e verificou fatos novos no ciclo evolutivo do Tripanosoma cruzi. Estudou os Trypanosoma gambiense, T. equinum, T. equiperdum e T. congolense. Gaspar Vianna ainda descreveu nova espécie de Leishmania, denominando-a braziliensis, em 1911, responsável pela úlcera de Baurú ou leishmaniose tegumentar americana.

Em 1912, ele propõe tratamento específico pela injeção venosa do tártaro emético, hoje já não mais empregado. Ele ainda descobriu um espiroqueta encontrado em sangue de gambá e o tratamento para o granuloma venéreo tropical.

Gaspar de Oliveira Vianna faleceu a 14 de julho de 1914.