Em abril de 1908, Prowazek foi consultado pelo diretor do Instituto Oswaldo Cruz sobre a possibilidade de cooperar nos serviços do IOC. Diante de resposta afirmativa, o cônsul brasileiro em Hamburgo solicitou licença ao senado daquele paÃs.
O contrato foi assinado seguindo as recomendações do cônsul ao Ministro do Exterior, em 30 de maio de 1908, com os seguintes pontos: I) os serviços deveriam durar o prazo de seis meses, podendo ser prorrogados; II) os proventos seriam de dois mil marcos mensais; III) obrigatoriedade de fazer cursos de protozoologia no Instituto; IV) a pesquisa cientÃfica seria realizada e os resultados deveriam ser publicados nas Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, sem prejuÃzo para publicações posteriores em outros jornais.
As passagens de ida e volta e os vencimentos foram pagos pelo Instituto. O Ministro da Justiça concordou com a proposta e assim o contrato foi assegurado em 30 de maio de 1908. O professor Prowazek embarcou para o Instituto em junho do mesmo ano e só retornou em fevereiro de 1909.