Este Laboratório esteve vigente até janeiro de 2023, após a finalização do processo de credenciamento e recredenciamento de Laboratórios do Instituto Oswaldo Cruz, referente ao período 2015-2023.

O Laboratório de Flavivírus do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz) dedica-se ao estudo da biologia dos arbovírus com várias linhas de pesquisa, sendo o maior foco em dengue, zika, chikungunya e febre amarela .

Atua como Serviço de Referência Regional para dengue e febre amarela e mais recentemente para Chikungunya, Zika e vírus do Nilo ocidental.

Foi responsável pelo isolamento pioneiro no estado do Rio de Janeiro e no país dos vírus dengue tipos 1, 2 e 3 (em 1986, 1990 e 2001) e o tipo 4 no estado do Rio de Janeiro em 2010. Em 2001, o laboratório foi pioneiro no Brasil a utilizar o método de RT-PCR no diagnóstico de casos suspeitos de febre amarela a partir de sangue, tecidos frescos e fixados.

O Laboratório de Flavivírus também foi pioneiro ao encontrar, em 2010, evidências sorológicas da circulação do vírus do Nilo Ocidental em cavalos do Pantanal do Mato Grosso, descrito pela primeira vez no Brasil.

Em 2015, o laboratório foi pioneiro também na detecção do genoma do vírus Zika no líquido amniótico de pacientes grávidas de bebês com microcefalia, sendo esta a primeira relação entre o vírus Zika e a microcefalia.  

Ainda em 2015, o Laboratório foi pioneiro quando apresentou a ideia ao Instituto de Biologia do Paraná, do desenvolvimento de um teste molecular capaz de detectar simultaneamente o vírus Zika, Dengue e Chikungunya, que em 2017 se transformou em  um kit e a tecnologia transferida do IBMP para produção em Biomanguinhos e distribuição  para toda rede nacional de laboratórios do Ministério da Saúde que realiza o diagnóstico de zika, dengue e Chikungunya no país.

Outra contribuição importante ocorreu em 2018, através do desenvolvimento em parceria com a Universidade de Bonn na Alemanha, de um PCR em tempo real que permite diferenciar de forma rápida e sensível o vírus febre amarela entre vacinal e selvagem, até então possível somente através do sequenciamento do genoma viral.    

Entre as linhas de pesquisa do Laboratório, destacam-se: 
-Desenvolvimento de novas metodologias aplicadas ao diagnóstico de arbovírus;
- Epidemiologia e caracterização molecular dos vírus dengue e outros arbovírus;
- Investigação da patogenia do dengue e análise de suas manifestações clínicas e sua relação com o sorotipo e genótipo;
-Pesquisa de flavivírus e alphavírus de importância clínico-epidemiológica;
-Estudos de interação vírus-vetor.

Principais atividades do Centro de Referência:
I. Vigilância epidemiológica ativa de arboviroses de impacto epidemiológico como: dengue, chikungunya, zika, febre amarela entre outros, com detecção molecular, isolamento viral ou detecção de anticorpos a partir de amostras de casos humanos ou de animais;
II. Desenvolvimento e/ou utilização de tecnologias inovadoras rápidas, sensíveis e específicas;
III. Assessoria à Rede Nacional de Laboratórios, Ministério da Saúde e OPAS/OMS;
IV. Produção e distribuição de reagentes a laboratórios centrais e a Instituições de Ensino e Pesquisa;
V. Transferência de tecnologias;
VI. Formação de recursos humanos;
VII. Participação em Redes Nacionais e Internacionais;
VIII. Participação em Programas Externos de Garantia da Qualidade 

Chefe do Laboratório de Flavivírus
Ana Maria Bispo de Filippis (Currículo Lattes)

Chefe substituto (a) do Laboratório de Flavivírus
Patricia Carvalho de Sequeira (Currículo Lattes)